Reflexo da II Grande Guerra, e da profunda crise que se vivia na Europa, o Portimonense vivia dias difíceis, principalmente desde a época de 1940/41 quando pediu transferência para a 2ª Divisão Distrital, tendo mesmo desistido mais tarde.
O início dos anos quarenta foram conturbados não só para o Portimonense que permanecia relegado na II Divisão Distrital sem meios para mais altos voos, mas para todos os clubes nomeadamente os da cidade de Portimão.
Começou a tomar forma a união de vários clubes portimonenses. Várias figuras da cidade pretendiam assim unir meios e esforços para de algum modo formar uma equipa mais forte que representasse Portimão a níveis mais altos.
Foi nos finais de 1943 que se finalmente se tentou a fusão de vários clubes de futebol da cidade, pelo Portimonense a negociação foi conduzida pelo presidente Augusto Pereira e pelo sempre presente Luís Anacleto.
Não sei qual foi o resultado desta reunião do Boa Esperança a que se refere a convocatória, mas no dia 6 de Março de 1944, houve uma assembleia geral do Portimonense com 17 sócios presentes, na qual Severo Ramos, Teixeira Gomes e Marreiros Neto assumiram a oposição a este projeto e na reunião convenceram pelo menos a maioria dos sócios presentes a votar contra.
Permaneceu a rivalidade e o orgulho clubista e felizmente os alvi-negros ganharam um novo fôlego e ainda nessa época de 1943/44 o Portimonense venceu a segunda Divisão distrital, voltou na época seguinte à I Distrital e às presenças nos grupos da II Divisão Nacional na qual disputou até 1950 por quatro vezes a Fase Final de Acesso à I Divisão.